A公司是一家德国的航空公司，主要从事国际航空运输业务，并获得了在菲律宾从事航空客运的经营许可。
A公司是一家德国的航空公司，主要从事国际航空运输业务，并获得了在菲律宾从事航空客运的经营许可。B公司是A公司在菲律宾注册的分公司，经营业务主要包括：一是出售由A公司运营的往返于德国和菲律宾航班的机票；二是出售B公司在菲律宾境内通过合作航空公司运营的往返于德国和菲律宾航班的机票，即从事“联程”和“代码共享”业务。
2012年，菲律宾税务部门对B公司进行了纳税评估，要求补缴税款及利息。菲律宾税务部门认为，根据《国家税务法典》有关规定，B公司2008年1月—3月在菲律宾从事国际运输取得的总收入应按2.5%的税率缴税；另外，B公司应以国际航空运输协会（英文简称IATA）的银行结算报告显示的机票收入总额，作为计税依据计算缴纳税款。因该金额高于B公司自行申报金额，B公司需按照税务部门的评估意见补缴税款。B公司对税务部门的评估意见有异议，于2012年5月向税务部门提出申诉，但被驳回。2013年1月，B公司向菲律宾税务上诉法院（英文简称CTA）提出行政复议申请，CTA支持了B公司的部分请求。
争议焦点
本案共有两个争议焦点。第一个争议焦点，是B公司的国际运输收入，是否可依照菲律宾—德国税收协定第8（2）（a）条规定适用1.5%的协定税率。菲律宾税务部门认为，申请享受税收协定待遇，应以履行有关行政程序为前提。B公司在2008年1月—3月间取得的国际运输收入，没有按照当时第1—2000号税收备忘录命令的有关规定，提前15日向菲律宾国税局提交享受协定待遇的申请，因此只能按照菲律宾国内法规定适用2.5%的税率。
B公司认为，没有提交适用税收协定待遇的申请，不妨碍符合条件的实体享受协定待遇。同时，B公司引用了菲律宾最高法院关于德意志银行诉国税局局长的案例作为证据。该案中，德意志银行因未在规定时限内提交申请，被税务部门判定为不能享受协定待遇。最高法院裁定认为，仅因纳税人未在规定的时限内提交申请而拒绝其适用税收协定，有违两国签署税收协定的初衷。参考该案例，B公司认为，其有权享受菲律宾—德国税收协定中规定的1.5%的优惠税率。
第二个争议焦点，是B公司是否应就全部机票销售收入在菲律宾纳税。B公司从事“联程”和“代码共享”业务，并通过国际航空运输协会的联机程序结算后，再将整个行程的收入依据参与提供的服务量分配给各航空公司。据此，B公司认为，其在IATA银行结算报告上显示的机票收入，包含了其他航空公司取得的“联程”收入，也包括一部分旅客退票收入，这些都不应计入应税收入。只有由A公司实际执飞的航班客票收入，才需要在菲律宾缴税。菲律宾税务部门认为，B公司应就全部收入缴税，并引用了菲律宾最高法院关于英国海外航空公司的案例（以下称BOAC案）。该案中，最高法院指出，在菲律宾境内销售的机票收入，都属于在菲律宾境内产生的收入。因此，B公司的全部机票销售收入都应在菲律宾缴税。
最终裁决
2016年3月，CTA作出判决：B公司有权按照协定适用1.5%的优惠税率，但其应按照菲律宾税务部门的评估意见，以IATA银行结算报告上的机票收入在菲律宾缴税。
针对第一个争议焦点，CTA指出，最高法院已经维持其对德意志银行案的决定，即行政税收减免申请，应仅用于确认纳税人的协定权利。行政规定不能强加可能否定纳税人享有协定权利的额外要求。因此，税务部门仅因B公司未能事前提交申请，就拒绝其享受协定待遇是没有根据的。CTA确认，因B公司已提交充分证据证明其是德国税收居民，并获得从事航空客运业务的许可，其有权就其国际运输收入享受1.5%的优惠税率。
针对第二个争议焦点，CTA指出，税务部门提到了最高法院在BOAC案中的裁决，认为所有在菲律宾境内销售机票的收入，都属于在菲律宾境内产生的收入。事实上，最高法院只确定了来源规则，并没有明确表示在菲律宾销售机票取得的相关收入须全部在菲律宾缴税。同时，菲律宾《国家税务法典》的立法意图，仅对国际航空承运人自行运营的航班收入征税。因此，CTA认为，只有由A公司实际执飞的航班取得的机票收入才构成应税收入。同时，B公司须证明其2008年申报的收入，是A公司实际执飞航班取得的机票收入。但因B公司的内部管理系统中的收入数据仅保存5年，B公司已无法提供2008年的运营数据。
基于上述情况，CTA认为B公司未能证明其实际执飞航班取得的收入金额，应按照税务部门的评估意见，以IATA银行结算报告上的机票收入总额作为计税依据。
案例启示
一是关注中菲税收协定中的“海运和空运”条款，提前了解申请享受协定待遇的行政程序。多数情况下，居民国对以船舶或飞机经营国际运输业务取得的收入独占征税权，但中菲税收协定规定，中国企业在菲律宾设立的分支机构取得的收入，菲律宾有征税权。本案中涉及的第1—2000号税收备忘录命令已被2010年颁布的第72—10号税收备忘录命令取代，且新命令仍要求纳税人应在交易活动发生前，完成享受税收协定待遇申请。中国企业应关注东道国享受协定待遇的行政程序，避免发生不必要的涉税争议。
二是注意保存营业收入等企业运营数据。如本案所述，纳税人因内部管理系统存储期限原因，未能向法院提交足够的证据，证明由其实际执飞航班取得的收入，法院只能判决企业按照税务部门的评估意见确定计税依据。“走出去”企业在海外经营时，可结合实际需要，适当延长重要经营资料的保管期限。
三是关注菲律宾最高法院的相关案例。菲律宾法院在判案时依照的法律渊源包括制定法、判例和习惯法等，且只有菲律宾最高法院判例才具有普遍约束力。本案中，税企双方都援引了最高法院判例，CTA在审判时也参考了相关判例。中国企业在菲律宾经营过程中，应关注菲律宾最高法院相关判例，在遇到涉税疑难或争议时可参考借鉴。
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