在跨境电商业务中，如境外亚马逊电商向境内电商收取的佣金，是平台通过从境内电商在平台销售货物的营业收入中直接扣除的。
一、跨境电商平台收取佣金的增值税扣缴义务履行难
在跨境电商业务中，如境外亚马逊电商向境内电商收取的佣金，是平台通过从境内电商在平台销售货物的营业收入中直接扣除的。依据《中华人民共和国增值税法实施条例》第四条明确，增值税法第四条第四项所称服务、无形资产在境内消费，是指下列情形：(一)境外单位或者个人向境内单位或者个人销售服务、无形资产，在境外现场消费的服务除外；
只要境外亚马逊平台提供的收取佣金的服务不仅仅是在境外现场消费的，境内单位也是此项服务的消费主体，那境内电商就有增值税扣缴义务。然后此项服务不是由境内单位通过境内向境外支付完成的。如果境外电商平台并不配合扣缴义务人的扣缴履行，这个问题如何解决、如果采取类似于包税模式，由境内电商来承担税款，那境内电商扣缴的增值税额由于该服务是用于免税(退税)货物销售的，该服务的进项税额不得抵扣。除非税收上不满足出口货物退、免税条件，作视同内销处理。
二、跨境电商9810模式下增值税纳税申报时间
增值税法实施条例第四十一条规定，出口货物报关出口日期早于增值税纳税义务发生时间的，纳税义务发生时间为报关出口当日。由此其纳税申报时间就是根据该纳税义务发生日即出口报关的时间来确定申报期。但是9810模式下，跨境电商出口报关后，货物是运至境外海外仓，并没有实现销售。增值税对销售货物的纳税义务发生时间依据《增值税法》第二十八条 (一)发生应税交易，纳税义务发生时间为收讫销售款项或者取得销售款项索取凭据的当日；先开具发票的，为开具发票的当日。
因此两者在纳税申报时间上产生矛盾。《增值税法实施条例》第八条对 “出口货物”有明确规定：指向海关报关实际离境并销售给境外单位或者个人的货物，以及国务院规定的视同出口的货物。这里的销售给境外单位或者个人依据的应该是沿袭了原来没有考虑电商业务模式的情况下制定的。就是出口货物已经完成销售给境外单位和个人，而不是说包括目前还未销售，将来要销售给境外单位和个人的。这样就可以依据未来增值税收入实现的时间确定纳税义务和申报期。但是目前法条的解释面临跨境电商业务冲击而不清晰，极易产生未及时申报的影响。
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