基于“一致税务处理原则(统一按一般性或特殊性税务处理)”，股权收购、合并(分立)中，股权转让方、被合并(分立)企业股东，应统一按特殊性税务处理，不应出现部份股东按一般性税务处理，部份股东按特殊性税务处理的情况，正是基于此要求，每个股东获得股权支付比例均不应低…
一、13号公告是优化，不是新增一项特殊性税务处理操作
《国家税务总局关于企业重组业务所得税处理有关征管问题的公告》(国家税务总局公告2026年第13号)开篇明确根据《财政部 国家税务总局关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》(财税〔2014〕109号)等文件规定对企业重组业务所得税处理有关征管问题进行约定，但109号规定的是股权(资产)收购、划转，与合并分立重组没有关系，但实际依据109号的意义在于，“明确自2026年1月1日起，将达成特殊性税务处理一致性意见的居民企业股东持股比例由100%放宽至50%”，是一致税务处理要求从100%“优化到了”50%，如同股权(资产)收购比例由75%调整到50%，并非是在59号通知规定的合并(分立)特殊性税务处理之外新增了一项满足50%条件要求即可以特殊性税务处理的操作。
案例，居民企业股东持股40%，自然人股东持股60%，在原先的理解和规定中，认为只要满足股权支付比例85%等条件要求，合并(分立)是可以适用特殊性税务处理的。2026年第13号公告明确，自2026年1月1日起，合并(分立)必须满足居民企业股东必须持股50%以上，且必须一致选择特殊性税务处理。案例将无法适用13号新规下的特殊性税务处理，59号规定的条件已经被13规定替代优化，因此案例也不可以适用59号规定的特殊性税务处理。
在这样的前提下，“合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业”规定实际上已经没有意义。
二、一致税务处理原则
《国家税务总局关于发布〈企业重组业务企业所得税管理办法〉的公告》(2010年第4号)明确，同一重组业务的当事各方应采取一致税务处理原则，即统一按一般性或特殊性税务处理。实际上结合13号文件和官方解读，显然过去对“一致税务处理原则”在理解上重视程度不够。
基于“一致税务处理原则(统一按一般性或特殊性税务处理)”，股权收购、合并(分立)中，股权转让方、被合并(分立)企业股东，应统一按特殊性税务处理，不应出现部份股东按一般性税务处理，部份股东按特殊性税务处理的情况，正是基于此要求，每个股东获得股权支付比例均不应低于85%，否则，股权支付比例不足85%的股东将不可以特殊性税务处理。
三、居民企业股东之外的股东
国家税务总局公告2015年第48号明确“股权收购中转让方、合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人。当事各方中的自然人应按个人所得税的相关规定进行税务处理。本公告适用于2015年度及以后年度企业所得税汇算清缴。”
国家税务总局公告2026年第13号明确“合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业。上述股东应按现行规定进行所得税处理。本公告适用于重组日在2026年1月1日以后的企业重组业务”。
2015年之前，包括自然人股东的重组，无法适用特殊性税务处理，2026年之前，包括自然人和居民企业之外的股东的重组，无法适用特殊性税务处理。
四、居民企业之外的股东不适用特殊性税务处理
国家税务总局公告2026年第13号明确“其余股东持有的股权以及股权对应的被合并(被分立)企业转让的资产和负债、合并(分立)企业取得的资产和负债均应适用一般性税务处理”，这一规定直接打破了两个幻想。
1、居民企业之外的股东包括自然人，明确不可以适用特殊性税务处理，即一致选择特殊性税务处理的居民企业股东对应的股权比例适用特殊性税务从，未一致选择特殊性税务处理的居民企业股东对应的股权比例适用一般性税务处理，其他自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业股东股东，除合并分立中个人股东不属于转让限售股、资管产品层面作为不征税收入等特殊规定之外，应按现行所得税规定进行所得税处理。
2、一般性税务处理的股权比例对应的被合并(分立)的资产和负债需要确认所得，合并(分立)企业据此调整取得被合并(分立)的资产和负债的计税基础，也可以选择一般性税务处理的简易计算办法，“选择按该资产和负债的原计税基础确认计税基础，并将对应的公允价值和原计税基础之间的差额，单独作为一项资产，自重组日所属年度起分10年均匀在税前摊销扣除。此方法一经选择，不得改变”。具体查看官方解读的案例。
无论取得的被合并(分立)的资产和负债如何或何时处置，单独确认的差额资产均按10年摊销扣除，不调整回原资产。相信企业所得税汇算申报表需要据此规定修订。
五、13号规定更适用于上市公司或大型企业
国家税务总局公告2026年第13号“持有被合并(被分立)企业股权比例不低于5%的居民企业股东、前十大居民企业股东”均应一致选择适用特殊性税务处理，以及12个月内不得转让股权的规定，实际更适用于上市公司或者大型企业等股东分散的情况，一般性的非上市公司基本上全部或者大多数的居民企业股东均需一致选择才可以适用特殊性税务处理，满足一致税务处理的50%股权比例条件以及5%、前十大要求，实际上选择不多。
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