核算在“税金及附加”科目中的印花税——产权转移书据应当单独拿出来作纳税调整在土地增值税清算时扣除。原因是，虽然财税字〔1995〕48号文件第九条没有直接被宣布废止，但财会〔2016〕22号文件第四条规定，“本规定自发布之日起施行，国家统一的会计制度中相关规定与本规…
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条规定，计算增值额的扣除项目：
(一)取得土地使用权所支付的金额;
(二)开发土地的成本、费用;
(三)新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格;
(四)与转让房地产有关的税金;
(五)财政部规定的其他扣除项目。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：
(一)取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
(二)开发土地和新建房及配套设施(以下简称房增开发)的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本(以下简称房增开发成本)，包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。……
(三)开发土地和新建房及配套设施的费用(以下简称房地产开发费用)，是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。
财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按本条(一)、(二)项规定计算的金额之和的5%以内计算扣除。
凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条(一)、(二)项规定计算的金额之和的10%以内计算扣除。
上述计算扣除的具体比例，由各省、自治区、直辖市人民政府规定。
(四)……
(五)与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。
《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字〔1995〕48号，简称财税字〔1995〕48号文件)第九条关于计算增值额时扣除已缴纳印花税的问题规定，细则中规定允许扣除的印花税，是指在转让房地产时缴纳的印花税。房地产开发企业按照《施工、房地产开发企业财务制度》的有关规定，其缴纳的印花税列入管理费用，已相应予以扣除。其他的土地增值税纳税义务人在计算土地增值税时允许扣除在转让时缴纳的印花税。
从上面税收政策的规定可知，计算土地增值税，即土地增值税清算时，计算增值额的扣除项目之一与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税(已废止)、城市维护建设税、印花税(是指转让房地产时缴纳的产权转移书据类印花税)、教育费附加及地方教育附加。由于印花税是在会计核算中的管理费用科目里核算，管理费用属于房地产开发费用之一，管理费用随着房地产开发费用按照取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本这两项金额之和的5%或10%已做扣除了，因此，印花税不再单独扣除了。
但在这里面还有一个问题，像执行《企业会计准则》和《企业会计制度》的企业，缴纳的城镇土地使用税、房产税、车船税像和印花税一样需要在管理费用科目中核算，但《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其细则规定，只有在转让房地产时缴纳的税金才可以在计算增值额时扣除，显然，城镇土地使用税、房产税、车船税是不允许扣除的。但是，国家又没有下发相关的政策文件规定按照5%或10%扣除的房地产开发费用中的管理费用里面包含的城镇土地使用税、房产税、车船税应当剔除，因此，在实务中，土地增值税清算时管理费用中包含的城镇土地使用税、房产税、车船税也在无形中按照比例扣除了一部分。
2016年12月3日，财政部下发了《财政部关于印发〈增值税会计处理规定〉的通知》(财会〔2016〕22号，简称财会〔2016〕22号文件)。该文件第二条第(二)项规定，全面试行营业税改征增值税后，“营业税金及附加”科目名称调整为“税金及附加”科目，该科目核算企业经营活动发生的消费税、城市维护建设税、资源税、教育费附加及房产税、土地使用税、车船使用税、印花税等相关税费;利润表中的“营业税金及附加”项目调整为“税金及附加”项目。第四条规定，本规定自发布之日起施行，国家统一的会计制度中相关规定与本规定不一致的，应按本规定执行。
从财会〔2016〕22号文件的规定可知，自该文件施行后，无论以前企业执行何种会计制度，城镇土地使用税、房产税、车船税、印花税都需要在“税金及附加”科目中核算。但在实务中，从该文件施行至今，仍然有一部分房开企业对前面所述的四种税金仍然在管理费用科目中核算，土地增值税清算时“与转让房地产有关的税金”的扣除还是和以前一样操作。
对于已在“税金及附加”科目中核算城镇土地使用税、房产税、车船税、印花税的房开企业，有的在土地增值税清算时也不扣除印花税——产权转移书据。
财会〔2016〕22号文件施行后对土地增值税清算时税金的扣除产生了一定的影响，实务中房开企业对税金的处理也不尽相同。下面对财会〔2016〕22号文件施行后，房开企业如何对税金的处理进行分析。
一、印花税——产权转移书据应当在土地增值税清算时扣除
有的房开企业认为，财会〔2016〕22号文件施行后，财政部和国家税务总局并没有宣布财税字〔1995〕48号文件第九条的规定废止，这就说明该条规定还有效，并且国家也没有出台有关印花税在土地增值税清算时如何扣除的新文件，因此，还是按原来的方法操作，即管理费用仍然按照5%或10%比例扣除，而核算在“税金及附加”科目中的印花税——产权转移书据不作纳税调整扣除。
其实，核算在“税金及附加”科目中的印花税——产权转移书据应当单独拿出来作纳税调整在土地增值税清算时扣除。原因是，虽然财税字〔1995〕48号文件第九条没有直接被宣布废止，但财会〔2016〕22号文件第四条规定，“本规定自发布之日起施行，国家统一的会计制度中相关规定与本规定不一致的，应按本规定执行。”这就说明实质上财税字〔1995〕48号文件第九条已被财会〔2016〕22号文件宣布废止。再者，按照土地增值税最高法律效力的《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则的规定，印花税——产权转移书据属于在转让房地产时缴纳的税金，允许在土地增值税清算时扣除。因此，在实务中，无论印花税——产权转移书据在什么会计科目中核算，都应当单独拿出来在土地增值税清算时扣除。
二、仍然在管理费用中核算印花税等四种税金的房开企业应当在土地增值税清算时作纳税调整
虽然财会〔2016〕22号文件自2016年12月3日开始施行，但时至今日仍有一部分房开企业仍然在管理费用科目中核算印花税、城镇土地使用税、房产税、车船税，这显然与会计政策的规定不相符。
对于在管理费用科目中核算印花税等四种税金的房开企业，在土地增值税清算时应作纳税调整，具体做法是，印花税——产权转移书据拿出来全额在土地增值税清算时扣除;除印花税——产权转移书据以外其他税目的印花税及城镇土地使用税、房产税、车船税，由于不属于是在转让房地产时应缴纳的税金，所以不允许在土地增值税清算时扣除，因此，应当对这四种税金全额在计算扣除管理费用时从管理费用中剔除。
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